于是荀彧食邑增加一千户，前后共计二千户。曹操还要表荀彧为三公（当时以太尉、司徒、司空为三公），荀彧使荀攸推辞十几次才作罢。

同年冬，曹操准备讨伐刘表，问计于荀彧，荀彧说：“今华夏已平，南土知困矣。可显出宛、叶而间行轻进，以掩其不意”。曹操南征，八月，刘表病死，曹操遂得荆州。

建安十七年（212年），董昭等人提议让曹操进爵国公、加封九锡（九锡是古代帝王对大臣的九种赏赐，有车马、衣服、乐器、武士、弓矢等，这是对大臣的最高礼遇），秘密与荀彧商议此事。

荀彧认为：“曹公本兴义兵以匡朝宁国，秉忠贞之诚，守退让之实；君子爱人以德，不宜如此。”事情因此搁置，曹操“心不能平”。

同年，曹操南征孙权，上表请荀彧到谯郡劳军。

荀彧到达以后，曹操乘机把他留在军中，又上表：“臣闻自古遣将，上面设有监督，下面派有相助的副职，所以能够显示国家的尊严，减少过失。如今臣正要渡江，奉辞伐罪，应该有天使奉行王命。文武并用，是自古就有的例子。使持节、侍中守尚书令万岁亭侯荀彧，是国家的重臣，德行闻名华夏，已经到了军中，便应该和臣一道进军，宣示国家命令，用威德镇抚敌寇。军贵神速，臣来不及请示，因此私自留下荀彧，以作为重要的助手。”

献帝听从了曹操的上表，于是以荀彧为侍中、光禄大夫，持节，参丞相军事。

曹操军至濡须，荀彧因病留在寿春（今安徽寿县），不久忧虑而亡，时年五十岁。

献帝深感痛惜，祭祀之日不奏乐。谥曰敬侯。其子荀恽袭爵，后官至虎贲中郎将。

次年（213年），曹操进封魏公。咸熙二年（265年），魏帝曹奂追赠荀彧为太尉。