多年后的一天，平静再次被打破。监控系统显示在遥远的星系边缘出现了异常能量波动，疑似未知文明卷土重来。少年郎如今已是经验丰富的指挥官，而见习守护者也成为了得力助手。

他们带领着舰队前往探查。到达目的地后，发现这里的景象似曾相识，同样有着一座神秘建筑。进入其中，内部的布局竟和之前那座建筑一模一样。

在深处，他们看到一块类似的水晶。此时，周围的空间再度扭曲，又一名黑袍使者现身。少年郎冷笑：“我们早有准备。”说着，开启能量屏障。使者却大笑：“你们以为这就能挡住我们？”只见他双手一挥，一群机械生物涌出。

双方激战起来。少年郎和见习守护者配合默契，一边抵挡机械生物，一边寻找对方弱点。忽然，见习守护者发现水晶底部有个特殊接口，他想起以前的经历，尝试连接自己的能量装置。奇迹发生了，水晶释放出强大力量，将机械生物全部摧毁，黑袍使者也灰溜溜消失了，宇宙又恢复了平静。

平静的日子又过了许久，少年郎和见习守护者以为危险彻底远离。然而这天，警报突然响彻总部。所有屏幕上的数据疯狂跳动，显示出一个惊人的消息：未知文明改变策略，正在通过时空缝隙潜入各个星球。这种悄无声息的入侵方式让防御系统难以察觉。

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少年郎紧急召集队伍，制定新的作战方案。他们决定主动出击，找到时空缝隙的源头并关闭它。经过一番艰苦搜索，他们追踪到一颗偏僻的小行星附近存在巨大的时空能量波动。

到达小行星后，这里布满诡异的迷雾。刚踏入这片区域，无数虚幻的幽灵生物就朝他们扑来。这些生物能穿透护盾，直接攻击精神层面。少年郎和见习守护者集中精力抵抗，同时摸索应对之法。就在他们快要支撑不住时，见习守护者意外发现这些幽灵生物对强光敏感。于是他们利用能源武器制造强光脉冲，驱散了幽灵生物。而后顺利找到时空缝隙入口，合力将其封印，未知文明的阴谋再次被挫败，宇宙重归安宁。

平静的时光又持续了数年，少年郎和见习守护者在日常巡逻中发现了一些奇怪的现象。多个星球上出现了神秘的信号干扰源，这种干扰似乎在影响着各个星球之间的通讯。两人顺着信号源追查下去，来到了一个废弃的星际空间站。

空间站内阴暗寒冷，到处都是破败的设备。当他们深入探索时，发现这里居然隐藏着一个小型的虫洞发生器。还没等他们仔细研究，虫洞中就窜出几个身形怪异的外星生物，它们身上长满尖刺，眼睛散发着幽绿的光。