主角带领团队开始在战舰内搜寻可用材料修复战舰。他们如同考古学家挖掘宝藏一般仔细检查每个角落。然而，随着修复工作的推进，一些诡异的事情发生了。战舰的某些区域时不时传出怪异声响，似有某种无形之物在穿梭。

主角警觉起来，怀疑战舰上还有其他隐藏的危险。一次，在寻找关键零件时，一名队员突然消失不见。众人惊慌失措，主角冷静下来，利用追踪器锁定方位。

他们赶到一处密室，发现失踪队员正被一团黑色雾气笼罩。那团雾气似有意识，察觉到众人到来后猛然扑来。主角掏出能量护盾抵挡，同时命令队员发动反击。

外星生物这时传来消息，称这团黑雾是当初袭击战舰的敌人遗留的能量体，具有侵蚀意识的能力。主角想到之前外星生物提到的战舰能源核心或许能够消灭这股能量。

于是，主角等人一边抵抗黑雾，一边朝着能源核心前进。到达核心处后，主角借助核心强大的能量成功驱散了黑雾，解救了队员。之后顺利修复战舰，外星生物兑现承诺修复了扭曲空间，主角再次化解危机回归星际方舟。

回到星际方舟后，主角还没来得及休息，监测系统再次报警。原来在遥远的星系边缘，出现了一系列异常的恒星爆炸。这些爆炸并非自然现象，而是呈现出规律的排列顺序，像是某种信号传递。主角带领团队立刻出发前去探查。

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途中，他们截获了一段模糊的通讯，似乎是一个未知势力在操控这一切。到达星系边缘后，他们发现一个巨大的人造结构体正在汲取恒星能量，周围环绕着无数小型飞行器负责防卫。

主角决定先尝试与这个势力沟通，然而对方毫不理会并且发起攻击。在激烈交火中，主角发现这些飞行器有着独特的能量护盾。他回想起之前在古老战舰上遇到的能量转换方式，尝试调整己方武器频率。

果然，这种攻击有效突破了护盾。他们逐渐靠近结构体，在关键时刻，主角发现这个结构体的核心弱点。他率领队员精准打击，结构体崩溃，恒星爆炸停止，主角又一次成为星际和平的扞卫者。