恺撒，当时仍驻扎在罗马附近，虽然对西塞罗表达了歉意，但却表示自己无能为力。

西塞罗在恺撒的帐篷中卑躬屈膝，仍未能获得帮助。

似乎所有人都背弃了西塞罗。

在克罗狄乌斯通过了一项法律，禁止任何人在罗马方圆四百英里内为西塞罗提供“火与水”（即避难所）后，西塞罗被迫流亡。

他于公元前58年5月23日抵达帖撒罗尼迦（Thessalonica）。

在他流亡期间，克罗狄乌斯，西塞罗在帕拉蒂尼山（Palatine Hill）的邻居，促使国家没收了西塞罗的房产，并设法购买了部分土地来扩建自己的房子。

克罗狄乌斯拆毁了西塞罗的房屋，并将土地奉献给神灵，象征性地在空地上建造了一座自由神庙（Liberty，拉丁语：aedes Libertatis）。

西塞罗的流亡使他陷入了深深的抑郁。

他写信给阿提库斯（Atticus）说：“你的恳求阻止了我自杀。但我还能为了什么而活着？不要责怪我抱怨。我的痛苦超出了你曾听闻的一切。”

后来，在庞培支持下，新当选的保民官提图斯·安尼乌斯·米洛（Titus Annius Milo）为西塞罗出面，元老院投票赞成让西塞罗归国。

克罗狄乌斯是唯一投反对票的人。

公元前57年8月5日，西塞罗回到意大利，在布林迪西乌姆（Brundisium）登陆。

他受到欢呼的人群欢迎，尤其高兴的是见到了他心爱的女儿图利娅（Tullia）。

在《论他自己的房屋》（Oratio De Domo Sua Ad Pontifices）中，西塞罗说服祭司团裁定克罗狄乌斯对他土地的奉献无效，从而使他能够收回房产并在帕拉蒂尼山上重建自己的房子。

西塞罗试图以独立政治家的身份重返政坛，但他试图攻击部分恺撒立法的努力失败了，反而促使恺撒与庞培和克拉苏斯重建政治联盟。

公元前56年，三人在卢卡（Luca）召开会议后，三人团重新掌控了共和国的政治。

西塞罗出于担心被完全排除在公共生活之外，不得不改变立场支持三巨头。

会议后，西塞罗极力称赞恺撒的成就，促使元老院为恺撒的胜利投票感恩节，并拨款支付他的军队费用。

他还发表了演讲《论执政省份》，制止了恺撒的敌人试图剥夺他高卢属省的企图。

此后，西塞罗屈服了，转而专注于文学创作。

可以肯定的是，在随后的几年里，他是否直接参与政治活动仍然不明。

他的法律工作主要是为三人团的盟友以及他自己的朋友和盟友辩护；例如，他在公元前56年为他的前学生马库斯·凯利乌斯·鲁夫斯（Marcus Caelius Rufus）辩护，该学生被控谋杀。

在三巨头的影响下，他还为以前的敌人普布利乌斯·瓦提尼乌斯（Publius Vatinius，公元前54年8月）、马库斯·埃米利乌斯·斯卡鲁鲁斯（Marcus Aemilius Scaurus，公元前54年7月至9月间）和格奈乌斯·普兰基乌斯（Gnaeus Plancius，公元前54年9月，发表了《为普兰基乌斯辩护》Pro Plancio）辩护。

这削弱了他的威望，并引发了对其正直性的攻击：卢卡·格里洛（Luca Grillo）认为，正是这些案件引发了诗人卡图卢斯（Catullus）带有双重含义的评论，即西塞罗是“任何人的最佳辩护者”。