战争的成果几乎立即失去，托勒密八世重新掌权。

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托勒密六世·菲洛米特是托勒密五世和克利奥帕特拉一世的长子。

托勒密五世早期的统治时期主要被第五次叙利亚战争（Fifth Syrian War，公元前204年–前198年）所主导，这场战争是与塞琉古国王安条克三世（Antiochus III）对抗的战争。

在这场战争中，托勒密的军队彻底失败，安条克三世吞并了科勒-叙利亚（Coele-Syria）和朱迪亚（Judaea），并将埃及降为附属地。

根据和平条约，托勒密五世于公元前194年娶安条克三世的女儿克利奥帕特拉一世为妻。

托勒密六世于公元前186年出生，可能是在五月或六月。

他有两个兄弟姐妹：姐姐克利奥帕特拉二世（Cleopatra II），大约在公元前186年至前184年间出生，以及弟弟托勒密八世（Ptolemy VIII）。

他的父亲通过在公元前182年的泛雅典运动会（Panathenaic Games）中以他的名义参赛，向埃及国内外宣传托勒密六世作为继承人的地位。

第五次叙利亚战争的失败为托勒密五世余下的统治时期投下了阴影。

托勒密王朝宫廷中一个显赫派别主张恢复战争以重建埃及的威望，然而另一个派别则反对，为重建和重新武装王国而需承担的巨额开支成为争论的焦点。

托勒密五世在公元前180年9月意外去世，时年仅30岁。

据推测，他可能因宫廷派系斗争而遭到谋杀——一份晚期史料称他被毒杀。

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托勒密六世·菲洛米特年仅六岁便即位为王，由他的母亲克利奥帕特拉一世（Cleopatra I）共同摄政。