蔡邕曾是董卓的旧臣，当听到董卓被杀的消息时，蔡邕在座上不禁脸色大变，不由自主地发出一声叹息。

王允勃然大怒，严厉指责蔡邕：“董卓是国家的罪人，杀害主上的残臣，为天地所不佑，人神所共疾。

你身为天子臣民，应该从大局考虑，从国家出发，共同声讨国贼，不想你念及他对你的一点私人恩惠，竟然为他感到痛惜，这难道不是与董卓同一鼻孔出气吗？”

说完，便不容分辩，立即将蔡邕押至廷尉处问罪。蔡邕有口难辩，但作为文学家和史官，他为了完成自己未完成的事业，继续写成汉史，便陈辞谢罪，自己愿意承受刺剑削足的酷刑以保全余生。

士大夫们都十分同情怜悯蔡邕的遭遇，设法营救蔡邕，可毫无结果，

太尉马日磾专程前往王允住处，替蔡邕说情：“伯喈（蔡邕字）是难得的旷世奇才，学问渊博，见多识广，特别是对本朝故事了解颇多，应当给他机会，让他继续写成史书，成为一代大典；

况且伯喈以忠孝闻名于士大夫之中，现在以莫须有之名给他判罪，恐怕有失众望，不服人心吧！”

王允根本不听劝告，反驳马日磾说：“先前汉武帝不杀司马迁，让他写成谤书，流传后世，现在国事衰败，社会上缺乏时代精神，不能让佞臣拿着笔在幼主的身边，因为这既对神圣的道德教化毫无益处，而且还使我们这些人遭到批评和指责！”

马日磾无奈，只得退出，感慨地对别人说：“王公这种做法恐怕不行吧！善待人才，这是一个国家得以维持和发展的命脉，而让国家经典得以流传，则是重视国家制度和创作的保障。

如今，这样不重视贤才，切断国家的命脉，阻碍国家经典的流传，难道能维持久远吗？”

当时多数名士都为蔡邕说话，王允这才后悔，打算停手，但蔡邕已经死在了狱中。

董卓死后，王允在如何安排和处理他的旧部时，反复无常，态度极不慎重，而这正是王允最后走向灭亡的最重要和最直接的原因。

他先是想全部赦免董卓的部下，吕布也多次相劝，可继而王允又对群臣解释说：“本来，他们是没有罪的，只是身不由己，跟随董卓，所以不得已听从董卓差遣，犯了错误。

现在如果给他们突然加上恶逆的罪名，而且特定赦免他们，恐怕反而使他们猜疑恐惧，心理承受不了，所以，赦免他们无罪不是使他们安心之上策，还不如让他们承受惩罚。”

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吕布又想把董卓的财物赏赐公卿、将校，王允又不准。

王允平日看不起吕布，以剑客对待他。

吕布也认为自己有功劳，自吹自擂，既不得意，渐渐与王允不和了。

凉州兵是董卓的嫡系部队，战斗力强，而且对董卓最忠心。董卓死后，如何处置凉州兵，是关系王允本人和东汉政权的大事。