为了稳定政局，消除混乱，王允和朝中其他忠臣良将一道出谋划策，重新树立皇帝的绝对权威。

董卓在进驻洛阳过程中，迎立少帝，挟天子以令诸侯。进驻洛阳后，董卓又多次赤裸裸地表现出对权力的贪婪欲望。

他废旧立新，毒杀太后，广植党羽，培养亲信，统收兵权，控制朝廷。从董卓的种种倒行逆施中，王允已经敏锐地意识到他将成为威胁东汉政权的最大隐患，必须采取必要措施遏制和除掉董卓。

可是，董卓手中掌握有强大的军事力量，党羽众多，而且董卓本人凶残毒辣，如果主动出击，只能是以卵击石。

于是，王允表面上一味听任，甚至顺从董卓，让他放松对自己的戒备，实际上却在细心计划，周密布置。

董卓进入洛阳后，为了站稳脚跟和扩大势力，曾极力拉拢朝中有影响的官员。王允不动声色，顺势归顺，尽量迎合。

有时，王允不惜矫情曲意，偏违原则，来换取董卓的信任。

董卓迁都长安时，王允把重要的兰台、石室图书秘纬收集起来带到关中。

到了长安，都分类条上。又收集汉朝旧事，应当施用的都一一奏上。经籍得以保全，王允有很大的功劳。

当时董卓还在洛阳，朝政大小，都托王允处理，王允惟命是从，董卓也信任王允，不生丝毫疑心。

王允借此时机，亲自主持一些恢复王室和发展社会经济的具体事务。当时天子、朝臣及内外，没有人不依靠王允的。

盖勋是当时朝廷的正义之土，自从董卓乱政以来，盖勋不畏强暴，一直与他进行尖锐的斗争。一次，董卓问王允：“不知谁最适合担任司隶校尉？”

允回答说：“只有盖勋最合条件。”虽然明知董卓与盖勋之间矛盾很深，但是，出于正义，王允毅然推举了盖勋。

在与董卓表面敷衍的同时，王允暗中积极组织和筹备反董卓的斗争。

王允首先与司隶校尉黄琬、尚书郑泰等人共同商议诛杀董卓的计策。