光武帝接受天命，将帝都迁至洛邑，这正是合乎时宜。而今，天下并无大恙，百姓安居乐业，明公拥立圣主，光隆汉室福祚。而无故捐弃宗庙，抛弃园陵，只怕百姓闻而惊恐，不明迁都之意，必如糜沸蚁聚，造成社会动荡。此外，《石苞室谶》是本妖邪之书，岂可信用？”

董卓表情发生变化，对杨彪说：“杨公欲图阻扰国家大计吗？关东方才大乱，贼人起兵。关中富饶，秦国当年凭借关中，吞并六国。长安崤函险固，是国之重防。且陇右盛产木材，极易筹措建筑材料。杜陵南山下有当年孝武帝烧制陶瓦的窑炉几千所，可以用来制作砖瓦。宫殿建筑，何足可言！百姓小民，不足以他们为虑！如果有阻止迁都者，我会用大兵驱赶，将违令者逐至沧海。”

百僚惊恐失色，杨彪又说：“天下形势，动之甚易，安之甚难，希望您能深思。”

黄琬对董卓说：“这是大事，杨公之言，不可不深思。”

董卓没回答，荀爽见董卓没有悔改之意，担心他会加害杨彪，就从容谏言：“相国岂会乐于做这种事？山东兵起，非一日可以镇压下去，相国才考虑迁都以应对。这是秦、汉当年定都关中之策。”

董卓面色稍有缓解。

荀爽私下里对杨彪说：“诸君争执不下，必然引来灾祸，我才没有做。”

朝议罢，董卓指使司隶校尉宣璠以灾异为由策免杨彪、黄琬。

后来伍琼、周毖劝阻董卓迁都，因关东起兵的诸侯多为周、伍二人推荐，董卓怀疑二人背叛自己，于是将二人杀害。

杨彪、黄琬得知后非常恐惧，到董卓那里道歉说：“小人恋旧，并非想阻挠国事，请以不识大体为罪。”董卓杀死伍琼、周毖后又立马后悔了，于是上表推举二人任光禄大夫。

十多天后，杨彪迁任大鸿胪。随从献帝入关，转任少府、太常，因病罢免。后又任京兆尹、光禄勋，再迁任光禄大夫。

初平三年（192年）九月，杨彪担任司空，与司徒淳于嘉并录尚书事。

初平四年（193年）十月，因地震免。又被拜为太常。

兴平元年（194年）七月，代朱儁为太尉，录尚书事。

兴平二年（195年）三月，李傕遣其侄李暹率兵数千包围皇宫，想要劫持献帝前往李傕大营。