中平三年，孙贲的叔父孙坚在长沙举义兵起事，孙贲辞去官职跟随孙坚征战。

初平二年，袁术派孙坚出征荆州攻打刘表。

刘表派黄祖迎击孙坚，孙坚击败黄祖，追击黄祖渡过汉水并包围襄阳。

孙坚单身匹马登上岘山，被黄祖的军士用箭射杀。

孙贲率领将士投奔袁术，袁术上表推荐孙贲为豫州刺史。孙贲代领孙坚的军队，扶送孙坚的灵柩到曲阿。

后来袁术迁徙到寿春，孙贲又去依附他。

袁术的同父庶兄袁绍任用会稽人周昂为九江太守，袁绍与袁术不和睦，袁术派遣孙贲在阴陵打败周昂。

袁术上表任命孙贲兼任豫州刺史，又转任丹杨都尉，代理征虏将军，讨伐平定山越。

后孙贲被扬州刺史刘繇所逼迫驱逐，就带领将士兵卒回到历阳驻守。

建安二年，袁术再派孙贲与吴景共同攻击樊能、张英等人，未能取胜。

等到孙坚之子、孙贲堂弟孙策东渡，援助孙贲和吴景打败张英、樊能等人，于是进击刘繇。

刘繇逃往豫章，孙策派孙贲和吴景回到寿春报告袁术，正值袁术称帝，设置百官，于是任命孙贲为九江太守。

孙贲不就任，抛弃妻儿返回江东。

当时孙策已平定吴郡、会稽两地，孙贲与孙策征讨庐江太守刘勋、江夏太守黄祖，军队凯旋，听说刘繇已经病死，于是路过平定豫章，孙策上表任命孙贲兼任豫章太守，后被封为都亭侯。

建安十三年，曹操破荆州，威震南土，孙贲心怀畏惧，又因为自己女儿为曹操之子曹彰之妻，便想要把自己的儿子送给曹操当人质以求自保，被朱治说服才作罢。