后来在南京修建历代帝王庙时，供奉从三皇五帝、各代开国皇帝，直到元世祖忽必烈，这就是完全承认元朝的正统地位。之所以这样做，一是因为礼制、法统，元朝统治天下百年，不可能没有个交代：二是因为元朝在百年间，已经赢得汉族地主阶级及其知识分子的效忠”张旭自书“身在江南”心思塞北”很能代表一些遗老的心理。作为一代伟大的政治家，朱元璋精明过人，他清楚这种局面，所以大大方方地承认元朝，承认元世祖、元顺帝，并宣告，元朝气数已尽”以收人心机括。
虽然之后，明朝一刻也没放松对蒙古势力的绞杀，但历代皇帝对前元的态度没有改变……这是因为作为一个朝代，元朝已经灭亡，你如何尊崇它”尊崇它的皇帝，在法理上，都与那些残余势力无关。相反”还会给他们扣上个破坏国家统一的罪名，加以讨伐。
事实上，成祖皇帝后来征伐大漠，基本都是用的这个名义。
但在“土木堡之变，后，明朝对前元的态度发生了转变”国力上的衰落”军事上的接连失败，使明朝君臣的神经，变得特别敏感脆弱。其极致便是世宗肃皇帝，于嘉靖九年，在北京兴建“历代帝王庙”但是撤消了元世祖忽必烈的神位。
也正是在嘉靖年间，明朝的对蒙政策发生了重大的转变。在嘉靖之前，本朝允许指定的几个蒙古族首领定期朝贡的政策，由此而形成本朝的朝贡体制。
朝*体系的作用在于，首先蒙古族的朝贡，是以政治上的臣服为前提，即各部要接受明廷的册封，这是在成祖永乐年间确定的。接受了册封”就是接受了明朝的统治”哪怕只是名义上的。其次”朝廷会厚待来贡使节”朝贡使臣一入境，其衣食住行几乎全由朝廷包管了”并有丰厚的赏赐、给赐、回赐物品，绝对的薄来厚往。
第三，也是最重要的，会允许，其朝贡领赏之后，许于会同馆开市三日或五日，。这种互市交易对于蒙古族和其他少数民族来说，是很具有吸引力的，他们在开市期间既可以出售自己所携带的马匹、皮毛等畜牧业产品”也可以将进贡所得的物品出卖，以换取他们部落急需的生活必需品。
这套朝贡体制的背后，是从成祖年间开始，对边疆少数民族的羁縻统治，这是在无力对其进行直接统治的情势下”使其接受〖中〗央王朝统治的最佳办法。在武宗正德以前的几个朝代，这套体制的运行基本上都比较顺利……哪怕是“土木堡之变，后，瓦刺强盛一时，这种朝贡关系也并未受到影响，鞋靶部也是如此。
但是，随着明朝的国力衰弱”日渐强盛的蒙古各部，虽然一直保持着朝贡”另一方面却不断侵掠边地”不再像原先那样守规矩。之后到了弘治年间，达延汗统一了蒙古各部”势力强盛一时，冰冻则西入河套，河开则东过大同，或间来朝贡，或时有侵犯，未敢大肆猖獗。但明朝自身已经陷入了财政危机，无法满足其要求，弘治九年，达延汗以赏薄生怨”频来侵掠，大获而归。
蒙古人这次侵略，不仅尝到了甜头，而且也试出了明朝纸糊的边防，便开始频繁入掠，给大明造成了巨大的损失和灾难，此等情况下，朝贡自然断绝。
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起初的抢劫自然是收获大大的，但明朝百姓不可能老等着他们来抢，官兵就算打不过蒙古人”难道还不会修城堡吗？于是在边地军民齐心协力之下，一座座防御完备的堡垒拔地而起，一旦听闻警讯，便立即撤到堡中。富家大户更是常年在堡中居住”保护财产的安全。
蒙古人不擅攻城，但哪怕是丈许高的堡垒，都能让他们付出沉重的代价”还无功而返。于是一次次的乘兴而来，败兴而归，很难像原先那样获取足够的财物了。只能尝试更深入明境，但那样损失也会激增，甚至有来无回，得不偿失。
于是自弘治十七年蒙古主动绝贡之后，到嘉靖十一年，蒙古济农衮必里克重新要求通贡。但已经被伤害了自尊心的明廷不予理睬。之后，俺答汗成为了蒙古族的实际领袖，又多次提出请求通贡。但当时朝中已有复套之议，首辅夏言是个强硬派，三边总督曾锐更是力主复套之人，自然不可能答应。更是斩杀来使，以绝其侥幸之心，俺答闻之大怒，遂悉众入寇，大掠山西”南及平阳，东及潞沁，每攻克村堡，屠戮极惨，以为报复。
但四年之后，俺答又一次命人带着厚礼”向明朝提出通贡的请求，因为上一次杀使的官员得到了升官，所以这次，使者甚至还没见到官员，就被宣府总兵的家丁杀死求功，自然又引发蒙古人一番大规模入掠。
报复之后，俺答紧接着再次求贡。这次因为他的入寇，导致了原来的总督被治罪。新任宣大总督翁万达，是嘉靖年间最为干练的边臣，认为可以答应俺答的请求”并提出了切实可行的方案，但又被嘉靖否决了。
之后嘉靖二十六年，俺答又一次请求通贡，这次他的语气尤为恭顺：，今与〖中〗国约：若达子入边墙作贼，〖中〗国执以付彼”彼尽夺其人所蓄马，以偿〖中〗国”不服则杀之：若汉人出草地作贼，彼执以付〖中〗国治罪，不服亦杀之：永远为好。，并向边臣保证，只要肯代他上奏，即传谕部落”禁其生事。
俺答的态度让明朝的边疆文武都看到了和平的希望，因而联名上疏，请朝廷允许其通贡，并考虑了各种可能的情况”预计了防备的措施，设计可谓完备。可结果十分令人遗憾，嘉靖正沉浸在，复套，的热望之中”再次拒绝其请。
但过了不久，主战的夏言、曾铣被杀，翁万达百般安抚，俺答才没有因为羞愤入寇。之后翁万达履行承诺，上书次提出俺答汗的通贡之请，却被嘉靖严厉斥责：，朕以边事重寄付万达等”自宜并力防御，胡乃屡以求贡为言？其令遵守前旨，一意拒绝”严加提备，违误者重治不贷。，严厉的斥责了翁万达等人”遂无人敢替俺答说话。
那么，朝廷为何宁肯生灵涂炭”损伤百万，也要顽固地拒绝俺答的通要请求呢？
实事求是讲，根源主要在世宗嘉靖皇帝身上。
首先，作为藩王之子得位的皇帝，嘉靖没有经过完整的帝王教育。对于蒙古人”他有着与寻常百姓一般的，根深蒂固的仇视思想。时常在其谕旨中，看到，丑虏”“虏氛甚恶”“黠虏节年寇边，罪逆深重”“求贡诡言，等等偏激活语。从中不难体察到这种思想在作祟。
其次，嘉靖朝当时前后两任首辅，前者夏言比嘉靖还强硬”最后因为复套掉了脑袋，自不消说。后者严嵩，性格倒是软弱”却是个纯粹的官僚”他把所有的国家大事，都当成了政治斗争的资嘉靖仇视蒙人，自然不敢支持通贡。
再者，朝廷内外弥漫的大汉族主义情绪”也将允许通贡与宋代的以和议误国相提并论”尤其是夏言、杨继盛等名声卓著的清官，是这种思想的坚决支持者，使政府上下形成了强烈的反对舆论，遂无人敢有异议。
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